Nascida em 1046, na Hungria, era uma mulher da nobreza, de grande devoção cristã, culta, inteligente, e possuidora de uma sutil e fina diplomacia. As questões políticas levaram-na a asilar-se na Escócia, onde conheceria seu futuro marido. Sua mãe, Águeda, irmã da rainha da Hungria, descendia de santo Estevão e de Eduardo, pretendente ao trono da Inglaterra, expulso pelo usurpador rei Canuto. Numa época tão conturbada, mesmo depois da morte desse último, somente a Escócia conseguiu dar abrigo seguro a essa família real para escapar de atentados fatais.
Não demorou muito para que o rei Malcom III se encantasse com a sua delicada e nobre figura, de personalidade forte e frágil ao mesmo tempo, e a pediu em casamento. Margarida tinha, então, vinte e três anos e aceitou, porque assim agindo compreendeu que poderia melhor levar a mensagem de Cristo ao povo escocês, ainda pagão.
Seu marido não era uma pessoa má, nem violenta, mas sim um pouco rude e ignorante. Não sabia ler, por isso tinha grande respeito por sua mulher instruída. Beijava o livro de orações que ela lia junto dele com devoção e sempre pedia seus conselhos. A rainha, pacientemente e pouco a pouco, alfabetizou-o, sem nunca se sobrepor à sua autoridade. Ela era discreta, modesta e humildemente respeitosa à sua condição de chefe de um povo e uma nação. Quando o rei Malcom III foi tocado pela fé, converteu-se e foi batizado.
Essa atitude do rei mudou completamente os destinos do país, pois o povo também se converteu. O casal teve oito filhos, seis homens e duas mulheres, que receberam instrução e educação cristã necessária aos nobres. O rei também passou a ter uma visão cristã na compreensão dos problemas de seus súditos, e os tratou com total consideração, respeito, bondade e justiça.
No palácio, a rainha continuou a partilhar, diariamente, em sua própria mesa, com órfãos, viúvas, pedintes e velhos desamparados. O rei compartilhava dessa alegria e das obras beneficentes em socorro e amparo aos excluídos. Fundaram muitas igrejas, mosteiros e conventos. Segundo a história da Escócia, foi um período de reinado justo, próspero e feliz para o povo e para a nação.
A rainha Margarida tinha apenas quarenta e seis anos quando foi acometida de grave doença. E resistiu pouco tempo depois que recebeu a notícia da morte do seu marido e do filho mais velho, que caíram combatendo no castelo de Aluwick. Morreu no dia 16 de novembro de 1093, na cidade de Edimburg, e foi sepultada em Dunferline, Escócia.
Venerada ainda em vida pela santidade, foi canonizada, em 1251, pelo papa Inocêncio IV. O culto que celebra santa Margarida da Escócia com grande festa ocorre, no dia de sua morte, em todo o mundo católico.